围绕校长遴选事宜，东京大学部分教职员工于2026年10月13日向校长遴选与监察会议提交了请愿书，要求说明下一任校长的决定过程。该会议于9月28日宣布，在校园内部意向投票中位列第二的研究生院综合文化研究科教授藤垣裕子（64岁）当选。
由于现任校长藤井辉夫的任期将于2027年3月31日届满，东京大学校长遴选与监察会议遂开展了遴选工作。在9月的意向投票中，针对排名前三的候选人进行的第二轮投票里，染谷隆夫（执行董事兼副校长、工学系研究科教授）获得了1,107票，占过半数；藤垣裕子则以553票位列第二。
请愿书指出，从遴选理由中无法看出意向投票是如何被考虑的，以及经过怎样的比较才得出此次结论。请愿书对在未公开说明的情况下，校内校外流传的种种猜测和人身攻击表示担忧。
声明在表明不支持特定候选人的前提下，要求校方具体说明是基于何种信息、对哪些方面进行了评估。此外，还要求校方就“国际卓越研究大学构想”及治理改革，说明如何评价各候选人的理念和业绩。同时，还向出席会议的监事征询了会议程序是否合规等意见。
据教职员工自发组织称，截至10月13日中午，该声明已获得523人（其中有投票资格者387人，约占有资格者的15%）的赞同。
另一方面，校长遴选与监察会议主席国谷裕子于9月29日表示，在决定下一任校长人选时表示：“我们认为，藤垣先生通过担任理事和副校长的经历，深刻认识到本校是学术界的象征与标志；他能够充分发挥其专业领域——科学技术——向社会传播的沟通能力，具备恢复学术公信力的坚定意志和能力。为了使本校具备不将壁垒视为既定事实的能力，以及克服导致隔阂的分裂的能力，我们对他的见解和能力给予了高度评价。”针对在意向投票中获得最多支持的候选人未被选为校长候选人一事，他评论道：“我们基于各种资料和面试结果，经过反复细致而认真的协商，负责任地选出了这位具备值得托付东京大学未来六年发展之能力和素质的人选，相信这一结果也能获得校内成员的理解。”
