东京大学校长遴选与监察会议于2026年10月30日公布了选定藤垣裕子教授为下一任校长候选人的经过。会议再次披露了委员们无记名投票的过程和结果，以及详细的遴选理由等。
在校长遴选过程中，9月在校内进行了意向投票。在针对排名前三的候选人进行的第二轮意向投票中，染谷隆夫（执行董事、副校长、工学系研究科教授）以1,107票位居第一，藤垣裕子（研究生院综合文化研究科教授）以553票位居第二。由于意向投票结果与最终当选结果存在差异，校内校外均出现了要求说明遴选过程的呼声。
根据公布的资料，在9月28日召开的关于确定校长候选人的会议上，16名委员针对5名第二轮候选人进行了无记名投票。没有候选人获得过半数票，其中藤垣女士以7票居首，染谷先生和山本隆司先生（理事、副校长）各获得4票。
在协商过程中，委员会围绕这3位候选人，重新梳理了将其确定为校长候选人的积极理由及相关顾虑。针对排名前三的候选人进行第二次无记名投票后，藤垣先生以12票获得过半数支持。
有委员指出，鉴于此次是首次选出与意向投票结果不同的校长候选人，此事意义重大，希望委员们能再次进行确认，因此会议未立即进入表决环节，而是继续进行讨论。据悉，委员们并未仅凭获得过半数票这一事实就草率决定，而是针对候选人的优势及是否存在顾虑进行了确认，并就藤垣先生在兼顾文理两方面的学术专业性、学术对社会的价值贡献以及对大学未来发展方向的愿景等方面，再次提出了对其优势的意见。
最终，除主席外的15名委员通过无记名投票进行表决，在14人赞成的情况下，决定由藤垣先生出任下一任校长预定人选。经联系本人并获得同意后，该决定正式生效。
关于选出藤垣先生的理由，会议指出：“他以‘大学是什么’、‘学术应当如何发展’等本质性问题为基础，从中长期且广阔的视野出发，勾勒出本校的未来蓝图”“重视‘对学术的信任’及‘多元知识’的态度，以及通过与校内外的多元主体对话来运营大学的能力”；“作为理事等参与大学运营，应对包括入学考试在内的棘手课题的经验，加上与多元成员沟通方面的见解和经验”等均受到高度评价。校方再次说明，遴选过程中并未将候选人身为女性作为遴选理由，并强调“性别并非判断要素”。
围绕校长遴选事宜，部分教职员工向校长遴选与监察会议提交了请愿书，要求说明下一任校长的决定过程。文部科学省也已要求对校长遴选过程进行核查。
