文部科学省公布的报告显示，患有发育障碍等问题的学生辍学率为13.26%，约为全体学生的3.6倍。按学校阶段来看，患有发育障碍等问题的学生辍学率在初中高于小学。
“针对患有发育障碍的幼儿、学生构建从学前阶段起无缝衔接的支持体系项目（关于特别支援教育及拒学问题校内协作机制的调查研究）”指出，鉴于约20%至30%的拒学学生被诊断或等情况，旨在梳理有效的拒学预防措施及校内支援体制的构建方式，从而促进支援体制的完善。
2025年度（令和7年度），该调查以全国1,570所中小学为对象开展，共收到432所学校的答复。在回复调查的学校中，2024年度（令和6年度）的12万9,014名学生中，有4,788人存在拒学现象，拒学率为3.71％。
其中，在特别支援班级（自闭症、情绪障碍）就读的学生有4,563人，其中577人存在拒学现象；接受分班指导的学生有2,903人，其中206人存在拒学现象。此外，在普通班级就读且未接受分班指导的儿童和学生中，因发育障碍（含疑似病例）而提出特殊教育支持需求或进行咨询的儿童和学生有2,175人，其中495人未到校。
将这3类情况合计来看，在9,641名相关学生中，有1,278人属于拒学，拒学率为13.26%。与全体学生的3.71%相比，这一比例高达约3.6倍。
按学校阶段来看，有发育障碍等问题的学生中，初中生的拒学率高于小学生。三类学生合并计算的拒学率，小学为7.94%，而初中则高达25.13%，是小学的3倍以上。特别是对于那些虽在普通班级就读、未接受专项指导，但因发育障碍（包括疑似情况）而需要特殊教育支持或曾进行相关咨询的儿童和学生，其缺勤率在小学为14.79%，在初中则高达46.08%，比例更为显著。
调查还分析了患有发育障碍等问题的学生缺勤率与学校实施的支援措施之间的关联。结果显示，普通班级可提供的支持、对合理便利的有组织探讨、校内委员会及个案会议的功能、学校与家长的协作、打造通俗易懂的课程、与学生及家长进行建设性对话并达成共识、以及入学及升学时细致的信息交接这6个项目，与缺勤率的降低存在统计学上的显著关联。
报告指出，除了对虽在普通班级就读但未能获得适当支持的儿童和学生进行早期干预外，针对普通班级整体营造良好环境及改进教学也至关重要。报告强调，在校长领导下，应由特殊教育及拒学支援负责人、家长及相关机构等通力合作，构建有组织的支援体系。
此外，本次调查基于432所学校的答复，报告指出需注意答复学校可能存在地域偏向等问题。
