本届赛事仍维持32校参赛规模。比赛周期为3月19日至31日的13天，四分之一决赛与半决赛次日设为休整日，遇雨则顺延。通过21世纪特别名额参赛的两校分别为长崎西高中（长崎县）与高知农工高中（高知县）。在分组抽签仪式上，各校队长通过抽签决定了淘汰赛首轮对阵。开幕战由帝京（东京）对阵志在夏春连霸的冲绳尚学（冲绳）。力争时隔八年成为史上第四支春连霸球队的横滨（神奈川），将在第二日第二场比赛中迎战神村学园（鹿儿岛）。选手宣誓仪式由北照（北海道）队长手代森煌斗抽中。
本届赛事首次引入指定打击（DH）制度。该制度允许由专职打者代替投手站上打击区，旨在减轻投手负担并增加球员出场机会。
通过互联网体育频道"DAZN"推出的"选拔LIVE！"项目，将免费直播本届选拔赛全部31场比赛。该服务由每日新闻社、每日放送与DAZN Japan Investment共同运营，用户可通过其独创功能"FanZone"在观看直播时实时交流互动。◆第98届选拔高中棒球大赛
※首轮对阵表
【首日：3月19日】
帝京（东京）－冲绳尚学（冲绳）
阿南光（德岛）－中京大中京（爱知）
八户学院光星（青森）－崇徳（广岛）
【第2日：3月20日】
滋贺学园（滋贺）－长崎西（长崎）
横滨（神奈川）－神村学园（鹿儿岛）
花卷东（岩手）－智弁学园（奈良）
【第3日：3月21日】
东洋大学姬路（兵库）－花咲德荣（埼玉）
高知农（高知）－日本文理（新潟）
北照（北海道）－专大松户（千叶）
【第4日：3月22日】
神户国际大附属（兵库）－九州国际大附属（福冈）
近江（滋贺）－大垣日大（岐阜）
山梨学院（山梨）－长崎日大（长崎）
【第5日：3月23日】
东北（宫城）－帝京长冈（新潟）
高川学园（山口）－英明（香川）
三重（三重）－佐野日大（栃木）
【第6日：3月24日】
熊本工（熊本）－大阪桐荫（大阪）
※此后均为第二轮比赛
