本届选拔赛参赛队伍共计32所，其中包含通过"21世纪名额"选拔的两所克服困难的学校，以及"神宫大会名额"选拔的一所学校。在赛事前召开的选拔委员会会议上，最终确定了参赛名单。首次参赛的学校包括普通选拔名额的帝京长冈（新潟）和21世纪名额的高知农（高知）。同样通过21世纪名额入选的长崎西（长崎）则时隔75年再度参赛，这是该校第二次出战。去年秋季神宫大赛冠军九州国际大附（福冈）自2022年以来第四次获得春季大赛参赛资格。在激战区近畿地区，神宫大会亚军神户国际大附（兵库）时隔五年第六次晋级。拥有备受瞩目的二刀流选手菰田阳生（二年级）的山梨学院（山梨）则连续第五年、第九次出战春季大赛，力争自2023年以来再度夺冠。本届赛事将首次采用指定打击制（DH＝Designated Hitter），要求参赛校制定全新战术。日本高中棒球联盟官网已公布该制度规则，并列举了实战中可能出现的具体案例。
第98届选拔高中棒球大赛将于3月6日完成分组抽签后，自3月19日起在甲子园球场展开为期13天的角逐（含四分之一决赛、半决赛次日的各1天休整日，遇雨顺延）。◆第98届选拔高中棒球大赛参赛校
北照（北海道）时隔13年第六次参赛
八户学院光星（青森）时隔2年第十二次参赛
花卷东（岩手）连续两年第六次参赛
东北（宫城）时隔3年第二十一回参赛
佐野日大（栃木）时隔12年第五次
花咲德荣（埼玉）时隔6年第六次
山梨学院（山梨）连续5年第九次
专大松户（千叶）时隔3年第三次
帝京（东京）时隔16年第十五次
横滨（神奈川）连续两年第十八次
帝京长冈（新潟）首次参赛
日本文理（新潟）时隔12年第六次参赛
中京大中京（爱知）时隔5年第三十三次参赛
大垣日大（岐阜）连续两年第七次参赛
三重（三重）时隔8年第十四次参赛
近江（滋贺）时隔2年第八次参赛
滋贺学园（滋贺）连续两年第四次参赛
智辩学园（奈良）时隔5年第15次
大阪桐荫（大阪）时隔2年第16次
神户国际大附（兵库）时隔5年第6次
东洋大姬路（兵库）连续两年第10次
崇德（广岛）时隔33年第4次
高川学园（山口）时隔42年第2次
英明（香川）时隔3年第四次
阿南光（德岛）时隔2年第三次
九州国际大附属（福冈）时隔4年第四次
长崎日大（长崎）时隔3年第五次
熊本工（熊本）时隔9年第二十二次
神村学园（鹿儿岛）时隔2年第七次
冲绳尚学（冲绳）连续两年第九次
【21世纪特别名额】
长崎西（长崎）时隔75年第二次
高知农（高知）首次参赛
